Desa Donoharjo yang berada sekitar 5 Km arah barat laut Kecamatan Ngaglik dan 8 Km arah timur laut ibukota Sleman memiliki aksesibilitas baik, mudah dijangkau dan terhubung dengan daerah-daerah lain di sekitarnya oleh jalur transportasi jalan raya. Wilayah Desa Donoharjo secara geografis berada di koordinat  07⁰40’.7”LS – 07⁰43’00.9”LS dan 110⁰27’59.9”BT – 110⁰28’51.4”BT.

Dilihat dari topografi, ketinggian wilayah Donoharjo berada pada 220 m ketinggian dari permukaan air laut dengan curah hujan rata – rata 2225 mm/tahun, serta suhu rata-rata per tahun adalah 16-17^o C. Desa Donoharjo dilalui Sungai Boyong di sebelah Timur. Keberadaan sungan dengan air yang mengalir sepanjang tahun di Desa Donoharjo tersebut membantu dalam menjaga kondisi permukaan air tanah.

Secara administrasi Desa Donoharjo terletak di Kecamatan Ngaglik, Kabupaten Sleman dengan batas :

Sebelah utara yaitu Desa Purwobinangun Kecamatan Pakem

Sebelah selatan yaitu Des Sariharjo Kecamatan Ngaglik

Sebelah barat yaitu dengan Desa Pandowoharjo Kecamatan Sleman

Sebelah timur dengan Desa Sardonoharjo Kecamatan Ngaglik.