Desa Donoharjo dulunya merupakan gabungan dari empat kelurahan lama yaitu:
- kelurahan Suruh
- Kelurahan Balong
- Kelurahan Tanjung
- Kelurahan Karanglo
pada tanggal 19 April 1948 dengan Maklumat Sultan No 5 tahun 1948 Pemerintahan Daerah Istimewa Negara RI Yogyakarta ( Kasultanan dan Pakualaman) tentang hal Perubahan Daerah Kalurahan dan Namanya , terjadi pengabungan 4 kalurahan lama menjadi kalurahan Donoharjo yang terdiri dari 16 padukuhan. Pada saat itu, pejabat pemerintahan desa terdiri dari:
- Lurah : Kepala Desa
- Sekdes : Bagian umum
- Bagian Kemasyarakatan : Urusan Agama
- Kemakmuran
- Sosial
Kepala desa / Lurah yang pernah memimpin yakni :
- LURAH I : Bpk. Noto Sukarjo masa bakti (1940 -1971)
2. LURAH II : Bpk. Suwarti Harjo masa bakti (1971 – 1996)
3. LURAH III : Bpk. Heri Sartono, SH masa bakti
4. LURAH IV : Bpk. Soegito Hadi, Bc.HK masa bakti (2004 -2009)
5. LURAH V : Bpk. Wijanarko, SE
6. LURAH VI : Hadi Rintoko, S.T (2015 – saat ini)
Sehingga dari awal terbentuknya Desa Donoharjo, desa ini baru di
| Carik | : | 1. Dolah Rosi 2. N. Bayu S. (1995 – 2017) 3. Anang Patri Widyantoro, S.T (2017 – 2037) | |
| Kabag Umum (Tata Laksana 2020) | : | 1. Citro Sudarmo (… – 1991) 2. Pandoyo (1991 – 2030) | |
| Kaur Perencanaan (Pangripto 2020) | : | 1. Sefita Ayu Pratama Sari, S.i.Kom. (2017 – 2050) | |
| Kabag Keuangan (danarto 2020) | : | 1. S.Hadi Harjono 2. Drs. Sugandono (1995 – 2021) 3. Febri Husada (2022 – 2052) | |
| Kabag Kemaysarakatan (Kamitua 2020) | : | 1. Surmo Darmojo 2. Sigit Sukarno (1987 – 2020) 3. Dani Prasetya, S.S.I (2020 – 2052) | |
| Pemerintahan (Jagabaya 2020) | : | 1. Mitro 2. Fx. Harintoko (1991 – 2014) 3. R. Fendi Aji Putra, S.H (2017 – 2042) | |
| Kabag Ekonomi & Pembangunan (Ulu-Ulu 2020) | : | 1. Puspo Wardono 2. Hb. Sugeng Prakosa (1987 -2020) 3. Seto Aji Kusumantoro, S.E(2020 – 2044) |
Sejarah Dukuh
| Dukuh Balong | : | 1. Sumo 2. Sudayatmo (1989 – 2016) 3. Seto Aji Kusumantoro, S.E (2017 -2020) 4. Nur Suhandi, S.E (2022 – Sekarang) |
| Dukuh Kayunan | : | 1. Joyo Disastro 2. Karto Dimulyo 3. Mugi Sukarno 4. Hartono (1996 – Sekarang) |
| Dukuh Wonosari | : | 1. Sis 2. Sastro Diharjo 3. Mugiono (1987 – 2009) 4. Sartini (2010 – Sekarang) |
| Dukuh Brengosan | : | 1. Amat Diharjo 2. Muh. Diharjo 3. Sumarsono (1991 – Sekarang) |
| Dukuh Suruh | : | 1. Sugiono 2. R. Agus Pranggono (1991 – Sekarang) |
| Dukuh Jetis Suruh | : | 1. Suro Pawiro 2. Mardi Pawiro 3. Tukijo (1991 – 2012) 4. Edi Haryono, S.E (2012 – Sekarang) |
| Dusun Nepas Lor | : | 1. Muh. Diharjo 2. Murwanto (1991 – 2012) 3. Alex Hendri Wijaya (2012 – Sekarang) |
| Dusun Nepas Kidul | : | 1. Asmo Rejo 2. Sujarwo (1987 – 2018) 3. Sigit Krisnanto,A.Md (2019 – Sekarang) |
| Dusun Gondang Lutung | : | 1. Siswo Diharjo 2. Supiyanto (1991 – Sekarang) |
| Dusun Donolayan | : | 1. R. Wiro Soemarjo ( … – 1988) 2. Dul Alip ( 1989 – 2018) 3. Arif Irnawan, S.H (2019 – Sekarang) |
| Dusun Banteran | : | 1. Wiro Martono 2. Suharsono ( … – 2016) 3. Catur Suharno (2017 – Sekarang) |
| Dusun Bantarjo | : | 1. Asmo Rejo (1948 – 1988) 2. Herman M. Utomo (1989 – 2009) 3. Drs. Diono (2010 – 2015) 4. Bangkit Arif Praono (2016 – Sekarang) |
| Dusun Panasan | : | 1. Suyatin 2. Wagiman 3. Suparyadi |
| Dusun Jetis Donolayan | : | 1. Marto Mangku Minarjo Sarjono 2. Mujari 3. Agung Karyono |
| Dusun Ngempak | : | 1. Muji Harjono 2. Suhariadi |
| Dusun Penen | : | 1. Sastro Paijo 2. Warsono Bsc 3. Maryanto |
